La junta de gobierno, es el órgano de representación y administración de la Cofradía y está compuesta por: Abad, Vice-Abad, Juez de Penas, Secretario, Tesorero y tantos Seises como la propia Junta estime en cada momento , que nunca debe ser inferior al número de «Pasos». También forma parte de la Junta de Gobierno nuestro Consiliario, que cumple en la Junta las funciones propias de su cargo.

Como anécdota histórica y respecto al hábito de la Junta de Gobierno cabe destacar que en 1943 fue introducido un nuevo hábito para la Cofradía, el cual nunca llegó a formar parte efectiva completa en la vestimenta. Pero ha quedado como recuerdo de dicho hábito el usado por la Junta de Gobierno en procesión, consolidado ya por la tradición y siendo característico de la Junta de Seises de esta Cofradía. Por ello debe considerarse como hábito de la Junta de Gobierno, en variante a la prevista en nuestros Estatutos la siguiente: los miembros de la Junta de Gobierno llevarán capillo o capirote elevado en forma de punta con el babero hasta el centro del pecho y sobre él el emblema de la Cofradía. La bocamanga irá orlada con doble cordón amarillo.